说到朱元璋的统治，不容回避的一个名词是“残暴”。他以残暴的方式行事，频繁兴起大案。
历史学界，很早就有“洪武四大案”之说。所谓四大案，即空印案、郭恒案、蓝玉案、胡惟庸案，简单的名词后面，是千万颗人头落地。
四大案中，“空印案”和“郭恒案”都是贪污腐败案，前者因官员使用盖有官印的空白文书，激起朱元璋?怒，前后株连数万人。后者因户部侍郎郭恒贪污官粮，再次兴起大狱，株连上万官员。“蓝玉案”和“胡惟庸案”都是谋反案，受牵连的大多是跟随朱元璋打天下的功臣，前后十余年，屠戮上万人。桩桩案件，皆是血雨腥风。
但要论对后世的影响力，“四大案”中不论哪一桩，都有限得很。“胡惟庸”“蓝玉”两案株连无数，朱元璋的本意是为他的后人“接班”扫清障碍，谁知事与愿违，反导致即位的建文帝无将可用，“靖难之役”中败给了朱棣。至于“空印案”和“郭恒案”的目的，则是为了整顿吏治，扫清腐败，然而即使在当时?面对贪官屡杀屡不绝的情况，朱元璋本人也曾感到绝望，发出“朝杀而暮犯”的悲叹。而后明王朝吏治腐败，贪污横行，或许更是朱元璋生前想不到的。
然而却有这样一桩案子，论株连人数和规模，皆无法与“四大案”相比，但案件产生的影响，却远比四大案深远，不但终明一世，甚至波及今日。这就是发生在洪武三十年(公元1397年)的“南北榜案”。
南北榜案，又称刘三吾舞弊案，与四大案“公说公有理”的争议不同，这桩案子，是一件彻头彻尾的冤案。
明朝洪武三十年(公元1397年)二月，正笼罩在“蓝玉案”血雨腥风中的明王朝，迎来了其三年一度的科举会试，在这个蓝玉案株连甚众，无数官员落马的非常时期，此次科举的结果，也无疑将对朝局产生微妙的影响。正因其重要性，在主考官的选择上，朱元璋煞费苦心，经反复斟酌，终圈定了78岁高龄的翰林学士刘三吾为主考。
刘三吾在当时可谓大儒，此人是元朝旧臣，元末时就曾担任过广西提学(相当于教育厅厅长)，明朝建立后更是多有建树。明王朝的科举制度条例就是由他制订，明初的刑法《大诰》也是由他作序，此外他还主编过《寰宇通志》，这是今天中国人了解当时中国周边国家的百科全书。他与汪睿、朱善三人并称为“三老”，《明史》上更说他“为人慷慨，胸中无城府，自号坦坦翁”，可谓是人品才学俱佳的士林领袖。选择他为主考，既是朱元璋对他本人的认可，也是朱元璋对这次科举的期望。
然而刘三吾不会想到，他的一世英明乃至身家性命，都会因为这次科举而葬送，一切，都源于一个谁都不曾想到的“低概率事件”。
洪武三十年二月，会试开始，经一月考核，选出贡士51名，又经三月初一殿式，点中陈安邸为状元，尹昌隆为榜眼，刘鹗为探花。然而仅仅6天过后，明朝礼部的大门就差点被告状的砸破，大批落榜考生跑到明朝礼部鸣冤告状，南京街头上，更有数十名考生沿路喊冤，甚至拦住官员轿子上访告状，短短几日里，整个南京城沸反盈天，一片喧嚣。?科场舞弊”，成了南京百姓街头巷尾津津乐道的话题。
喊冤的原因，很简单，也很奇特。当年会试中榜的51名贡生，清一色的来自南方各省，竟然没有一名北方人。因此街头巷尾各式传言纷飞，有说主考收了钱的，有说主考搞“地域歧视”的，种种说法，皆是有鼻子有眼，直让主考们浑身是嘴也说不清楚。
消息传来，明王朝上下震撼，先后有10多名监察御史上书，要求朱元璋彻查，朱元璋的侍读张信等人，也怀疑此次科举考试有鬼。朱元璋本人自然恼怒，穷人出身的他，一生最痛恨的就是“贪污腐败，?私舞弊”。事件发生仅几天，三月初十，朱元璋正式下诏，成立了12人的“调查小组”，这其中有曾经怀疑此次科举舞弊的张信等人，也有以学问著称的严叔载、董贯，还有以“忠直敢言”闻名的周衡、黄章等人。成员的选择上，可谓是做到了公平公正。
然而调查小组经过数日的复核，到该年四月末做出的调查结论，再次让朱元璋瞠目结舌：刘三吾等人的阅卷公平公正，以考生水平判断，所录取51人皆是凭才学录取，无任何问题。
结论出来，再次引起各界哗然。落榜的北方学子们自然不干，朝中许多北方籍的官员们更纷纷抨击，要求再次选派得力官员，对考卷进行重新复核，并严查所有涉案官员。然而震怒下的朱元璋，却做出了一个更加极端的决定。
是年五月，朱元璋突然下诏，指斥本次科举的主考刘三吾和副主考纪善、白信3人为“蓝玉余党”，尤其是抓住了刘三吾10多年前曾上书为胡惟庸鸣冤的旧账，认定刘三吾为“反贼”，结果涉案诸官员皆到严惩，刘三吾被发配西北。曾质疑刘三吾的张信更惨，因他被告发说曾得到刘三吾授意，落了个凌迟处死的下场。其余诸人也被发配流放，只有戴彝、尹昌隆二人免罪。此二人得免的原因，是他们在复核试卷后，开列出的中榜名单上有北方士子。六月份，朱元璋亲自复核试卷，开出了一个更令人瞠目结舌的录取名单：51名中榜贡士，竟然清一色是北方人，无一名南方人。
该事件以后，明王朝的科举制度，发生了一次重大的变革。从此明朝的科举录取，不再是“全国统一划线”，相反分成了“南北榜”，即南北方的学子，按照其所处?地域进行排名，分别录取出贡生后，再统一参加殿式。这个制度不但此后沿用于整个明清两朝，与今天高考中的“分区划线”，也有异曲同工之意。
朱元璋用“搞平衡”的办法处理了这次震撼明王朝的科举大案，但案件背后的谜团，依然值得深究。
深究南北榜案，第一个疑团是：为什么经过两次复查，中榜的依然清一色是南方人，究竟是舞弊，还是“巧合”?
解答这个问题，就不得不面对一个现象--中国经济文化中心的南移。
这个现象，从唐王朝安史之乱时就已开始，到南宋时期则进一步扩大。北宋灭亡后，大批的北方文化精英南逃，使南方文化开始了长足发展。南宋灭亡后，元王朝一度废除了科举制，虽然在后期重开科举，但汉人的录取比例极其少，科举出身的官员，在元王朝政府中的地位也极低。长江以北的中原地区，在历经了金朝、元朝几百年的异族统治后，无论经济还是文化，早已大大落后于南方。
在元王朝的科举中，中榜的汉人，也多来自安徽与江南地区。朱元璋起兵平天下的年代里，彼时中国文化界最富盛名的人物，更是来自于浙江的“浙东四才子”--吴征、刘基、章溢、宋濂。早期创业的朱元璋，也正是因为笼络到了大量的江南文化界名人，才得以迅速壮大实力。朱元璋的谋士朱升、李善长等人，同样都是来自安徽与江南等地的才俊。
明朝以前，中国南北方文化教育的先天差距是巨大的，明朝建立后实行的教育体制和考试制度，非但没有弥合这个差距，相反则继续拉大。先说教育体制，明王朝的教育体制，早在朱元璋打天下时就确立了，各地的府学、州学、县学，最早都设立于朱元璋早期的占领地，如安徽、江苏、江南地区，北方大规模重设学府，普及教育，多是在洪武元年(公元1368年)朱元璋北伐元朝之后，无论从师资水平还是开展程度，比起南方都相去甚远。当然北方并非无人才，山东、山西两省一直为教育大省。但朱元璋厉行文化专制，明朝早期，北方士子对新政权多持怀观望态度。朱元璋的几度文字狱，遇害者大多是北方文人，因此许多名士们隐居山林，对明王朝采取“不合作”的态度。如此境况，明朝早期北方教育远落后于南方，似是情有可原。
明朝科举，以“八股文”取士，这种考试方式本身就给南方学子提供了优势。今人说八股文，多以为是明王朝首创，其实八股文取士，开始于北宋王安石变法，当时王安石革新科举制度，提出以“经义之学”取士，但对文体无特殊要求，这是八股文的开始。随着时间推移，对八股文的要求越发细化，其风格特点也日益明朗。明朝科举的实际制定者，正是“浙东四子”中的刘基和宋濂，其考试规范、考试范围、考试要求，更适合江南学子。每次开科，南方学子自然“驾轻就熟”。
事实上，从洪武三年明王朝第一次科举考试开始，南方考生的成绩，就一直在北方考生之上。比如洪武三年的科举乡试，南方的录取名额是350人，北方仅有250人。“南北榜”案之前的明王朝6次廷试，状元清一色都是南方人。而从录取比例上看，也有南方中榜者逐渐增多，北方中榜者日益减少的趋势。“南强北弱”的大格局，明王朝上下其实早已心知肚明。
然而饶是如此，为什么到了洪武三十年，会发生“清一色南方人”这样的低概率事件呢?而早已“心知肚明”的朱元璋，为什么会做出激烈的反应?
事实上，科举考试，从来都不仅仅是一个考试问题，更是一个政治问题。“低概率事件”的发生，以及朱元璋的激烈反应，都与一件政治事件有关--蓝玉案。
震动明王朝上下的蓝玉谋反案，持续数年，株连人数达到10万人，其中尤以各级官吏居多。蓝玉常年镇守北方，案件爆发后，因他而遭株连的官员，也多为北方人，其中科举出身的北方官员甚多。血雨腥风下，许多读书人甚至视做官为畏途，纷纷逃避科举考试。其实在这次科考之前，明朝礼部的奏报上就曾说：“今北方士子，应试者减半也。”
作为一个深谋远虑的政治家，朱元璋自然深懂“恩威并施”之道，在经过了长时间的清洗之后，“威”已施过，选择合适的机会“施恩”，缓和与北方知识分子间的矛盾，稳固统治，就成了他的必然选择，而科举是最好的方式。然而无论是最早作为主考的刘三吾，还是曾质疑刘三吾，后来又受命复核试卷的张信，都是心无杂念的纯知识分子，坚持以才学取士，南北考生水平上的差距，外带二人的公正，就造成了这样一个匪夷所思的事件。满朝哗然之后，朱元璋自然不能承认南北考生水平差距的事实，这样等于开罪于北方士子，南北榜的出台，也就成了最好的折中办法，诸位公正的考官，只好无奈地做了替罪羔羊。
在“南北榜”事件中，既然朝廷上下对这种现象心知肚明，却依旧引起轩然大波，使各路朝臣议论纷纷，在案件中相互指摘，推波助澜，最终酿成各考官的冤案。除却上面所说的政治目的，还有一个由来已久的问题：中国科举制度的“南北矛盾”。
到这个矛盾，还要追溯到宋朝。中国官场向来有“南相北将”之说，但在宋朝，却完全不是这么回事。北宋的科举，素来“重北轻南”，北宋真宗以前，所有的宰相都是北方人，北宋开国皇帝赵匡胤就曾在宰相堂手书“南人不得坐此堂”。宋真宗后，南方考生得中者渐多，宋朝的文化名士，如“三苏”等人也多来自南方，到司马光为相时，又曾设置“分路取士”法，压制南方考生的录取名额。到元朝时期，虽恢复科举，但色目人和蒙古人得到优待，汉人遭到排挤，被打压的考生，又多为南方人，南北方考生之间的名额之争，其实由来已久。
明朝建立后，朱元璋在位30年里，南方学子可谓扬眉吐气，在历次科举中占有绝对优势。北方学子除了争夺科举中极少的名额外，只能通过监生、举荐等非科举方式入仕，在官场中也多受压制。“南北榜”事件的发生，恰好给了诸多北方官员“反攻倒算”的机会。在整个事件中，连篇弹劾考官的御史们，大多来自于北方，告发张信与刘三吾串通舞弊的，正是河南籍御史杨道。如此情形，连后来修《国榷》的谈迁也感慨：“众议汹汹，非为公怒，乃为私怨也。”
随着洪武三十年“南北榜”糊涂案的落幕，明王朝“南北分榜”的考试制度也就此确立下来，在其后的时日里，它不断被修正，到明朝中期，终变成了“南榜”“北榜”“中榜”(安徽以及西南诸省)的划分方式。录取比例也固定在南榜55%、北榜百分之35%、中榜10%。万历时期更进一步，在科举中增开了“商籍”，解除了朱元璋时期对商人子弟应试的种种限制。清朝建立后，也沿用了这个分榜制度。
客观上讲，明朝的“分榜”制度，积极作用确实不少，比如普及文化教育(提高落后地区考生的学习积极性)，平衡政治关系，乃至维护国家统一(在少数民族地区推广科举制度)等等。而负面作用也不容回避，其中重要的一条，就是对明朝官场“老乡政治”的推波助澜。
自“南北榜”划分之后，明朝官场上的官员关系，除了师生关系外(座师与门生)，老乡关系也呈越演越烈之势，同期中榜的考生，地域之间的亲疏尤其明显。甚至同榜而出的考生间拉帮结派，也渐成常态。明朝万历时期大臣邱瞬就曾总结道：“而今朋党有三途，同榜而出为其一，座主门生为其二，同年而出为其三。”“乡党”关系，?而凌驾于师生关系之上。万历末期至天启初期令后人诟病的“党争”，朝中分为“齐党”“楚党”“浙党”相互攻击，“分榜”制度，确是为其温床之一。