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土木堡事变明朝失去了京军主力，也很大程度上失去了对地方的控制，深刻改变了明朝的走向。
在此之前，大明皇帝可以依靠的力量包括：宦官集团、武将勋贵集团、文臣集团。三大营是中央主力军队，威慑四方。其中最为坚定的武将勋贵集团，是为大明打下江山的徐达、常遇春，以及明成祖手下将领朱能、张辅等名将的后代。他们因军功世袭爵位，并掌握军权，武将对文臣有很大的平衡作用。
土木堡事变，不仅明英宗被俘，大太监王振被杀，随行的文官被杀，大明的武将比如英国公张辅、成国公朱勇等也战死，武将勋贵一扫而空。
土木堡之变以后，在京的大臣自动以于谦为首领，以天下为己任，承担起保卫北京的责任。这些文臣不立英宗的太子，而是拥立郕王继位皇帝，而且当着郕王朱祁玉的面，将太监王振的余党打死。又指挥武将，组织兵马抵抗瓦剌也先的军队。
在于谦的带领下，取得了北京保卫战的胜利，文臣集团也牢牢地掌握了帝国实际的权力，宦官集团自然被剥夺权力，武将地位下降，形成了以文驭武的局面，甚至皇帝的家事，也由大臣议定，比如在是否迎回明英宗，如何安置明英宗等皇家大事上，文臣都有很大决定权。
这里无意诋毁于谦的为人及其功劳，于谦在关键时刻挺身而出，抵御外族入侵，保卫了国家的安全，是民族英雄。但这样的后果，导致皇权下降，使中央自然失去了对地方的控制。大臣以不能增加民生负担为借口，不允许增加税收，导致中央没钱。文臣不仅不用交税，还通过手中的权力大肆圈占良田庄园，成为隐形的富翁，还通过培养学生，形成乡党，甚至下野了也能开办书院，讽刺影响朝政。明朝，是皇帝与文臣共天下。
不仅如此，明朝的大臣还给皇帝定下很多规矩，比如皇帝不要出北京，最好不要出皇城;皇帝要爱民，要简朴节省，不能派太监开矿收税，与民争利;皇帝要尊重大臣，批准内阁的票拟等等，只有这样才是好皇帝，才是明君。如果哪位皇帝做的稍微出格，就会面临雪花般的文臣的上书，一群群人的劝谏，甚至死谏!这时候，文臣只需要一个名义上的皇帝，而这个皇帝是谁，已经不重要了。
文臣已经将地方牢牢控制，尤其是江浙文人控制了朝堂，更控制了江南富庶之地。只不过名义上，还有一个共同的大明。在文臣的主导下，明朝选择了保守的国策，不再寻求开疆扩土，不再增加军队开支，还限制朝贡次数和赏赐(主要是对蒙古的朝贡方式的贸易)，宗旨就是减少中央支出，保护文臣在家乡的利益。在万历皇帝的早年，大臣张居正曾经独掌朝政10年，是帝国真正的决策者，名为相实为摄。
但真到了西北有旱灾，需要东南援助的时候。控制朝堂的文臣仍然拒绝加税，也没有大力赈灾，导致农民起义，流民遍地。
而皇帝只能利用文臣之间的矛盾和党争，或者冷处理，实在不行对部分大臣进行庭杖，或者依靠太监平衡文臣的势力，也曾经收回部分皇权。但有明一代，皇权最终也没有将臣权压下去，最终也是亡于文臣之间的党争。以致于崇祯皇帝临死前仍然声称：诸臣误朕，文臣皆可杀!