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从目前人类掌握的历史遗迹来看，蚩尤后裔主要来自汉族的邹、屠姓氏，其次是苗族人。另外又因苗族的历史渊源较为复杂，在几千年的迁徙过程中，最初的三苗又诞生出新的民族，譬如瑶族、羌族，所以这些民族中也存有少数蚩尤后裔。至于为何有此推断，主要源自蚩尤吃了炎黄两帝的败战后，其部落的走向。
距今五六千年前的新石器时期，出现了三大部落联盟。它们分别是黄河下游及长江中下游一带以蚩尤为首的九黎部落、陕甘黄土高原上以炎帝神农氏与黄帝轩辕氏为首的两大集团。当年炎帝与黄帝沿黄河由西向东发展，先后与蚩尤在涿鹿进行大战。原本蚩尤已战胜炎帝，但后来炎帝与黄帝联合将蚩尤打败。蚩尤战败后，他的族人四处逃散。其中小部分成员迁徙至南方，而他们中的一部分人在后来的战役里又逐渐融入华夏族。其余大部分成员则留在北方，时间久了便与炎黄两族融合为一。据说当时轩辕氏为了安抚九黎族，特地封蚩尤子孙于邹、屠二国，而他们又以国名为姓氏。当然他们除了姓邹、屠，还有黎、蚩等姓。所以蚩尤后裔现今大多是汉族人，主要集中在现今河北与山东两省。
另外许多苗族学者主张将苗族历史追溯到古之三苗、九黎，并认为三苗为九黎之后，也就是蚩尤之后。《国语·楚语》中记载到：“及少皋之衰也，九黎乱德，民神杂糅，不可方物……其后三苗复九黎之德。”九黎正值黄帝之时，而三苗则与尧、舜、禹的时代相当。据说当年蚩尤战败，九黎南迁，其沉寂多年后演变成强大的三苗部落，并大肆地向北扩张。这使相邻的华夏诸部备感威胁，所以当其强大后便决定南征讨伐。首先尧动用庞大的武力，南下丹江、汉水流域，向三苗进攻。接着舜继续攻打三苗，且对三苗采取分化瓦解策略，以致其一部分西迁“以变西戎”，剩余部分被迫继续南迁。到了禹执政时期，他依旧对三苗进行讨伐。此次讨伐历经数十天，最终三苗战败。战败后，一部分苗民迁入华夏王朝难以控制的深山之中(湘贵一带)，还有一部分则逐渐变易风俗，接受了华夏文化。故而，九黎、三苗、南蛮、荆蛮之间有着一脉相承的关系，他们是苗族不同时期的先民。
不过当前也有学者提出，蚩尤是苗族先祖的说法是一些学者对文字的主观理解。譬如苗族史诗中所言的英雄祖先蚩尤老(或格蚩爷老)，很多人都认为他就是九黎之首蚩尤。但实际上“格”是词头，“蚩”是当地苗族杨姓的苗姓，“尤老”或“爷老”是对老人的称呼，所以绝不能将这个整体的词简称为“蚩尤”。而且在所有西部苗族民间史诗的原文中，没有一例将“格蚩爷老”简称为“蚩尤”，所以蚩尤是是苗族先祖的说法仍有待考究。
至于蚩尤陵墓身在何地，现今考古领域也出现了三个争议地点。一是山东阳谷，二是山东东平，三是河北涿鹿县。虽说这三地都有较为可信的史料与遗迹，但经过两次全国性蚩尤文化研讨会的论证，基本上确认了阳谷是蚩尤首级冢所在地。