李世民去世时年龄不算太老也不算太年轻，50岁。他的死亡速度比较缓慢，因此一般人并不认为这是一个问题。然而，事实上其中仍然存在一些隐秘的情况，只是由于不太光彩的原因而被掩盖了。有一种说法认为他死于服用丹砂所致。早年，李世民曾对秦皇汉武服用丹药表示不屑，但晚年，自身的伤病和精神上的痛苦可能迫使他也采取了同样的措施。他最宠爱的妃子徐惠曾上书劝阻过这件事。
他表扬了徐惠，但是一如既往。他死后，继任者李治将给他看病的几个太医给逐出，如果是正常死亡，李治不应该有这种表现，但是又为了他的名声，所以只有将怨气发泄在太医身上。死因二，亲征高句丽受了箭伤。这个死因也不怎么体面。李世民以打仗闻名于世，多么的雄才武略。最后亲征高句丽这种弹丸小国，竟然没成功还伤了身体，真不体面。
但是，其实当时的高句丽是相当难征服的。因为其民风彪悍，地理位置也不适合汉人作战，因此，它最终是自己瓦解的，也没有被征服。李世民在生命的最后几年，身体很不好，不仅有箭伤，而且还有风症这种疾病，让他很痛苦。后来李治也有这种病。同时，他的儿子一个个互相使心计想争夺储君之位，让他很伤心。玄武门事件在他年轻的时候做了感觉没什么，
但是随着时间的流逝，他年纪大了，儿子又出现同样的问题，他就觉得是报应，甚至睡觉都不安神，需要信任的武将给看门。可见心理多么痛苦。个人认为太宗皇帝死因缘于征讨高句丽失败所制。分析如下:太宗文武双全多次带兵亲征，身体健康并无大碍。五十上下还没有到保命延寿的时候，常服丹药不通常理。但史书上讲确实如此，进一步论太宗服药肯定还有别的原困，
最有可能的就是亲征东北受毒箭伤身造成的。唐经两代国力强盛四方来朝，唯有高句丽不服，边患不断。前朝杨广不惜亡国也没摆平，晚年太宗御驾亲征志在必得，以雪两朝国恨。围敌重镇久攻不下，有人劝退来年再战，帝断然拒绝，亲临城下督战强攻。不幸被敌箭所伤，不得及退兵还朝。此役败北如同刘备伐吴兵败，身心重挫。病急乱投医，开始服各种丹药，最后中毒命亡。