朱元璋是历史上有雄才大略的一位皇帝。为了保证封建统治的长期稳定，明太祖实行了分封制度。在内地和边境地区，他封了二十四个儿子和一个孙子为王，要求他们主持军事事务并平息边境纷争。所有的封建诸侯都在自己的领土上建立了皇宫，设立了官员，并命令“少卫兵三千人，多战士一万九千人”。
但他害怕诸侯势力的扩张对中央集权的威胁，申谕藩王“只分等级，不分人民，分诸侯，不分疆土”。在最初的分离中，诸王尚幼也起到了稳定边界的作用。但随着年龄的增长和权力的增强，他们开始突破这些限制。特别是燕王朱棣，拥兵10万人，宁王朱权镇守大宁，“盔甲18万，皮车6千辆”，成为对抗中央政府的分裂势力。早在1376年(洪武九年)之前，山西平遥训导叶伯巨就已上书明太祖，并以西汉“七国之乱”和“西晋八王之乱”作为警告。然而，阴太祖没有听取建议，而是以“断了我的骨肉”的罪名处决了叶伯巨。
1392年(洪武二十五年)，太子朱标去世，明太祖按照嫡长子继承制，让朱标儿子朱允炆为皇太孙，作为皇位继承人。1398年(洪武三十一年)，71岁明太祖病死，朱允炆登基，被称为建文帝。他以集权为第一要务，实行消藩政策，并向东方官大臣齐泰作军事报告，辅以教师黄子澄作太常寺卿，参加了军事工作。当时，北边诸侯大部分都拥有重兵，镇守的边将都服从了他们的约束。尤其是燕王朱棣，不仅拥有10万人的兵力，而且“智勇双全”，早已有了雄心壮志。皇宫里制造了秘密武器，私印了玉玺，征兵买马。朱允炆继位后，与齐泰、黄子澄讨论。因为燕王是强大的，他决定先切断燕王的手脚，削弱较弱的藩王，然后消灭燕王。洪武三十一年七月，削周王。因周王是燕王同母兄弟，而朱允炆怕他与燕王呵成一气，于是决定先废周王。时周王次子朱有爋告发父亲谋反，于是派曹国公李景隆以备边之名经过开封，将周王全家押回南京，废为庶人，迁往云南蒙化 (今云南巍山)。
建文元年(1399年)四月，削齐、湘、代三位亲王，废为庶人。湘王不堪受辱，为保名节举家自焚;齐王被软禁在南京;代王被软禁在封地大同 。两个月后，削岷王，废为庶人，徙漳州 。
燕王朱棣是明太祖的第四个儿子，他长时间镇守北平。在保卫边疆战争中，他屡屡取得非凡成就。1399年(建文元年)，他曾利用朝贺改元的机会，亲自前往南京，密切关注虚实，以寻求对策。在回北平之后，他假装病得很重，卧床不起，但事实上，他聚集了自己的力量，并积极准备夺取王位。
燕王朱棣起兵造反，援引《皇明祖训》，号称清君侧，指国君身边的齐泰和黄子澄为奸臣(谋害皇室亲族)，需要铲除，称自己的举动是，为国"靖难"(意为"平定国难")，并上书于惠帝朱允炆。明建文帝派耿炳文、李景隆先后率领北伐军，都被朱棣靖难军击败。靖难军很快占据了河北的大部分，但进入山东后，遇到了盛庸、铁弦等部的顽强抵抗，经过三年的反复斗争，1404年(建文四年)，朱棣攻陷扬州，进而击败长江守军，攻入南京，建文帝下落不明。齐泰、黄子澄、方孝儒被处死。历史上，这场战争被称为“靖难之役”。
燕王朱棣成为皇帝，改元永乐元年，称为明成祖。他采取了一系列措施，继续加强封建专制统治。首先，继续消藩。明成祖被封王夺地，深感拥兵自重的封王威胁中央政权，继续实行消藩政策，使封邑王成为食衣税的寄生虫，把军事力量的进一步集中在皇帝手中。终明一朝，虽然有一两个诸侯王分裂，但没有导致国家分裂的情况。第二，建立内阁。明成祖即位初期，允许翰林院解缙等大学士协助皇帝处理政治事务，提高了文官的地位。因为内务宫处午门之内，所以被称为内阁。内阁有5到7名大学士，但他们的地位很重要。内阁没有官僚或绝对官员，也没有决定权。重大事务仍然由皇帝决定。第三，将首都迁到北京。北平原是明成祖的主要土地。
靖难之役之后，明成祖继续削减藩王，这样一来，北方边疆防御系统就空了。为了能够有效地控制北方，明成祖决定迁都。1408年(永乐元)，改北平为北京。北京城和大运河的大规模建设始于1406年(永乐四年)。明成祖从全国招收了20万名工匠和100万役夫，历时15年，建成雄伟壮丽，具有世界视野的北京城。1421年(永乐十九年)，明成祖搬迁北京，将南京改为留都，所有机构仍设置其中。此后，北京成为明朝的政治、军事、经济和文化中心。明成祖迁都北京有利于抗击北方蒙古贵族的侵扰，控制东北地区，对进一步巩固北方边防，维护民族团结具有积极意义。