吴三桂最终失败的一个重要原因就是整体的战略布局失误。尽管其拥有2倍于清军的兵力，但由于不能合理利用各兵种的优势，反而使得人数的优势变成了失败的原因。最初，吴三桂的战略意图是先从云南和贵州出兵，然后拿下两湖和四川地区。同时，福建平南王耿精忠、镇南王尚可喜和台湾岛的郑经则会攻打东南沿海各省。这样做的目的是将清朝政府依赖的赋税重地区牢牢卡住，同时陕西的王辅臣则可以出兵京城，扼住清朝政府的咽喉。
如果这个战略设想能够顺利推进，可以说是非常完美了。加上吴三桂本就打着“反清复明”的口号，而清朝统治刚刚形成，对于广大的汉族人民来说，反清复明这个口号还是有很大的吸引力和群众支持的，战略上处于优势地位，兵力上压倒性优势，再加上有广大的群众支持，造反想不成功都不行。这一点可以从吴三桂军造反之初进展很顺利可以看出，当时一度势如破竹，不到三个月便拿下了南方的个省份。其余十个省份也多有战火波及。但很快，造反行动就陷入了僵局，变得前途渺茫。
实际上，这也不难理解。就拿造反主力吴三桂来说，本就怀揣皇帝梦，但是又不是主动出击的造反，缺乏足够坚定的信心。更别说其他大大小小的藩镇势力了。云南的尚可喜就是很鲜明的例子，原本不想反的尚可喜被儿子尚之信逼上梁山，拉起了反清大旗。而平南王耿精忠想法就更单纯了，他只想搞个割据势力，与清朝独立存在，坐拥东南江山。位于台湾的郑经是想在大陆谋一片栖身之所。
这就造成了在郑经登录东南沿海以后，三方势力已经暗自较劲了。这边是后来的耿精忠、尚之信、郑经三方势力在东南诸省杀得不可开交。于此同时，清朝政府采取分化瓦解的策略，对实力不强却又可以左右战局的耿精忠和尚之信二人“暂停撤藩”，在兵力布局上，清廷将重兵集结于东南，双重压力之下，耿精忠和尚可喜二人开始动摇了，反清的决心也没那么强了。看到希望的清廷很快反应过来。
这二人的不给力，直接造成在两湖地区激战正酣且连战连捷的吴三桂畏手畏脚，前怕狼后怕虎，便给了清朝政府得以喘息的机会。接下来，清廷再次调整战略部署，在长江沿线布防，吴三桂大军被围困于两湖地区不能动弹。再然后，清廷腾出手来收拾陕西的王辅臣，最终王辅臣被迫投降，清廷没有了京城之危，得以从陕西穿插而过直逼四川，位于两湖的吴三桂左翼又平添压力。在人心收复上，清廷自康熙即位后就招揽汉人人心，反观吴三桂匆忙间在衡阳称帝，引起汉族人和跟着他反清复明的人抛弃，最终落得身首异处的下场，可以说很大原因是他自己造成的。