战争过程
1998年，美国和北约就在计划对南联盟发动空袭，但没有美国的帮助，北约也难以达到目的。
1998年2月，南联盟共和国政府军和科索沃解放军发生冲突。
1998年6月和7月，科索沃解放军逐渐占据优势，于是南斯拉夫政府军开始发动反攻并持续到9月。随着战争的进行，成千上万难民背井离乡，无数家庭妻离子散，这是一场人道灾难。尽管国际社会进行了多番调解，但冲突还是在不断升级。
1999年1月8日，科索沃阿族武装“科索沃解放军”对南斯拉夫军队运输车队发动突然袭击并绑架了8名南军指战员。欧洲安全与合作组织驻科索沃观察团就此问题与“科索沃解放军”进行了谈判。
1999年1月12日，“科索沃解放军”同意无条件释放8名南斯拉夫士兵。
1999年1月15日，塞尔维亚警察部队在拉察克和佩特罗沃两个村庄搜捕杀害警察的凶手时与阿族武装分子发生激烈冲突，至少有15名阿族武装分子被打死，1名欧安组织观察员受伤。
1999年1月16日欧安组织驻科索沃观察成员称，他们在科索沃南部拉察克村附近山谷中发现45具阿族平民尸体。此事立即在国际社会中引起强烈反应。对此，南联盟塞尔维亚共和国总统米洛舍维奇17日发表声明，指责欧安组织驻科索沃观察“散布谎言”。
1999年1月20日，北约开始针对科索沃危机的军事调动。
1999年1月29日，由英、法、美、意、德、俄六国组成的前南问题国际联络小组外长在伦敦发表声明，要求科索沃冲突各方于2月6日在法国开始举行谈判，并在7天内达成“允许科索沃实现实质性自治的协议”。
1999年2月3日，联合国安理会发表声明，强烈敦促南联盟科索沃冲突各方“积极、真诚和无条件地”参加和平谈判，为政治解决科索沃问题创造条件。
1999年2月6日，在美国和北约的压力下，塞尔维亚和科索沃阿尔巴尼亚族代表在巴黎附近的朗布依埃举行和平谈判，谈判的基础是美国特使克里斯托弗·罗伯特·希尔草拟的方案。该方案的主要内容是：尊重南联盟的领土完整，科索沃享有高度自治，南联盟军队撤出科索沃，“科索沃解放军”解除武装，按当地居民人口比例组成新的警察部队维持治安，北约向科索沃派遣多国部队保障协议实施。
但是双方都不接受方案中所提的要求，阿尔巴尼亚族坚持要最终走向独立，并且不愿解除武装;南联盟则不同意科索沃获得自治共和国的地位，亦反对北约部队进驻科索沃。但是，主持谈判的美国和北约表示，这个方案的80%内容不许改变，必须接受，否则拒绝的一方将受到惩罚，其中对南联盟而言将遭到北约的军事打击。在谈判陷入僵局后曾一度休会。
1999年2月14日，前南问题国际联络小组决定把谈判达成协议的日期限定在2月20日中午12点。
1999年2月20日，前南问题国际联络小组决定将谈判期限再延长3天，即谈判双方必须在巴黎时间23日15时之前达成和平协议。
1999年2月23日，前南问题国际联络小组宣布，参加朗布依埃科索沃和谈的南联盟塞阿两族代表已就科索沃实质性自治问题达成一致，有关履行该协议的会议将于3月15日开始在法国举行。
1999年2月26日，南联盟科索沃阿尔巴尼亚族统一民主运动副主席希塞尼发表声明说，在法国朗布依埃参加科索沃和谈的阿族代表团两天前决定组成“科索沃临时政府”，并任命“科索沃解放军”发言人亚库普·克拉斯尼奇为“临时政府总理”。
1999年3月15日复会，阿尔巴尼亚族代表于18日签署了协议，但塞尔维亚方面仍然拒绝签字。
1999年3月19日，北约向南联盟发出最后通牒。
1999年3月24日，北约秘书长哈维尔·索拉纳在布鲁塞尔宣布，由于“最后外交努力”失败，以“保护人权”之名，对南联盟发动了代号为“盟军”的空袭行动。
1999年3月28日，北约开始了第二阶段空袭，目标转为对北纬44度以南的南斯拉夫人民军地面部队和军用物资进行攻击，企图破坏南的战争机器，迫使南屈服。
1999年4月13日，美国总统克林顿宣布对南联盟的空袭进入第三阶段，扩大空袭范围，增加空袭强度。北约对南联盟境内的所有军事目标进行24小时不间断轰炸;另一方面，为了削弱南联盟人民的抵抗意志，北约还对南联盟的民用设施，如桥梁、铁路、公路、工厂、电视台、通讯系统和电力系统等进行狂轰滥炸。此外，美国还向巴尔干派遣地面部队和“阿帕奇”攻击直升机，为地面进攻作准备。
1999年5月7日出动B-2轰炸机、用5枚精确制导炸弹对中国驻南斯拉夫大使馆进行袭击，造成3名记者死亡、20多位外交人员受伤、馆舍严重毁坏。
1999年春，北约计划对南联盟发动40多次空袭行动。出于政治考虑，美国不愿发动地面攻击。
1999年6月，北约组织授权北约秘书长哈维尔·索拉纳批准对南斯拉夫实施空袭以迫使南总统米洛舍维奇就范。
1999年6月2日，南联盟总统米洛舍维奇接受了由俄罗斯特使切尔诺梅尔金、芬兰总统马尔蒂·阿赫蒂萨里、美国副国务卿斯特普·塔尔博特共同制定的和平协议，该协议在坚持原朗布依埃方案基本内容的同时，强调了通过联合国机制解决问题的必要性，并对此作了具体规定。根据这个协议，进驻科索沃的多国部队将按照联合国宪章精神建立，科索沃未来自治地位的确切性质将由联合国安理会决定，难民返回家园的安排也将在联合国难民事务高级专员的监督下实施。
1999年6月3日，南联盟塞尔维亚共和国议会通过了接受上述协议的决议。
1999年6月9日，北约代表和塞尔维亚代表在马其顿签署了关于南联盟军队撤出科索沃的具体安排协议，南联盟军队随即开始撤离科索沃。
战争结果
1999年6月10日，联合国安理会以14票赞成、1票弃权(中国)的表决结果通过了由西方7国和俄罗斯提交的科索沃问题决议。表决之前，南联盟开始从科索沃撤军，北约宣布暂停对南的空袭。“盟军行动”的空袭正式结束。
1999年6月20日，北约正式宣布结束对南联盟轰炸。“盟军行动”的空袭正式结束。科索沃战争以塞尔维亚人的失败而告终。
北约19个国家中有13个国家(美、英、法、德、意、加、荷、挪、比、土、葡、西、丹)直接参加了对南联盟的空中打击，付出了约130亿美元的高额战费，总共派遣飞机1000多架，舰艇40多艘(其中美国约730架飞机、24艘舰艇，北约其他国家约325架)。飞机共出动32000架次，投弹13000吨，使用了大量杀伤性能极强的新式武器，连续78天的轰炸造成南联盟1800多名平民丧生，6000多人受伤，近百万人沦为难民，20多家医院被毁，300多所学校遭破坏，还有50多座桥梁、12条铁路、5条公路干线、5个民用机场被炸毁，39%的广播电视传播线路瘫痪，大批工厂、商店、发电厂被毁，直接经济损失达2000多亿美元。
南联盟军民击落了F-117A隐形战斗机在内的61架北约飞机，以及无人驾驶飞机30架、直升机7架、巡航导弹238枚。
影响
战略格局
科索沃战争表明，世界多极化进程面临严峻挑战，但向多极过渡的大趋势并未逆转;大国力量对比严重失衡，但美国恃强独霸仍力不从心 ;联合国的地位受到严重挑战，但联合国仍是当今世界不可或缺的国际安全机制组织;国际法准则受到美国“新干涉主义”的严重践踏，但认同“人权高于主权”的国家不多;世界和平遇到新的严峻挑战，但和平与发展仍是时代的潮流 。
军事理论
科索沃战争作战行动呈现战场空间扩大、持续时间压缩、人力密度减小、战略指导直接等新特点;以及突然性、集中火力、精确行动、联合作战等作战原则;要求军队战斗力战场感知力要强、作战指挥效率要高、战场生存力要强、后勤保障能力要强，促进了军事理论的发展。
科索沃战争是以美国为首的西方国家利用绝对空中优势，对弱势的南联盟进行打击，武力迫使其就范。其作战样式是一种典型的非接触式交战，交战双方从始至终都没有在战场上近距离交战，这在世界战史上是极为少见的。
在作战过程中，北约主要采用三种战法：一是在距离战场上千公里处发射巡航导弹进行攻击;二是从美国本土或盟军基地出动隐形轰炸机，在电子干扰机的伴随支援下，深入战区，投射精确制导炸弹;三是在掌握战区制空权的前提下，使用有人驾驶作战飞机从防区外发射精确制导武器，攻击预定目标。
依托现代信息技术的支持，北约指挥机构向一线部队下达命令只需3分钟，越级向导弹部队下达命令仅需1分钟，配合由GPS制导的巡航导弹、激光制导炸弹和联合直接攻击弹药，实现了信息与火力一体化，基本做到了“发现即摧毁”。
作为弱势一方的南联盟在战争初期，利用山多洞多、地形复杂的地形优势，在全国修建了许多洞库和地下设施，在北约空袭前就将大部分飞机、坦克、导弹等重装备藏于地下，躲过了大规模空袭，达到保存主战装备和作战部队实力的目的。
虽然南联盟进行了积极的抗击，但却没有有效的反击手段。