在1645年5月，南京被清军攻占后，明朝建立的弘光政权完全崩溃了。不久之后，清朝的豫亲王多铎率领军队进入南京并重新发布了“剃发令”，规定所有地方的人民在限定的十天内必须剃去头发的前半部分，按照满族的习俗，男性必须将剩余的头发削掉并留下辫子，而明朝的传统衣服也被废除。该命令引起了江南地区民众的骚动，因为受孔子和孟子的思想影响，汉族人认为“身体发肤，受之父母，不敢毁伤，孝之始也”，因此剃发行为是违反传统伦理并对祖宗表示不敬的。他们无法接受这种随意剃发的命令。
受此影响，江南各地揭竿而起，开始反抗。反抗的人中，不仅有下层民众，更有文人参与。嘉定这个地方反应最为强烈，为了镇压江南人民的反抗，清军制造了一起又一起的惨案，其中在嘉定制造的三次屠杀事件最为惨烈。
嘉定人并非从一开始就恨清军，在清军刚刚攻入嘉定时，他们也曾像那些被占领的城市一样，张灯结彩，全城欢庆。然而，清军“剃发令”的发布，触碰了他们的底线，他们便开始反抗。
1645年6月24日，嘉定各地民众和官员，在明总兵吴志葵的带领下，赶走了清县令张维熙，占领了嘉定城。曾经的明朝将领，后投降清朝廷的李成栋见状，大为恐慌，即刻进行镇压。
他集结所能集结到的清军，在7月3日这天，猛烈攻击嘉定城。刚开始的时候，他们用炮火猛烈轰击城墙，想将城墙摧毁，接着，在守城的士兵、乡民疲惫不堪之时，他们拥至城下，准备找机会进入城内。
炮火轰击从早上一直进行到傍晚。傍晚时分，天气突变，狂风夹杂着大雨而来。很快，嘉定城下的护城河便满了。
猛涨的河水虽然对清军的攻势有影响，但那已经被清军的炮火轰击得千疮百孔的城墙，随时有坍塌的危险。果然，城墙角有处地方在大雨的冲刷下塌了。守城的民众急忙搬来木头撑在那里，以避免城墙完全坍塌，随即又寻找各种能堵塞缺口的东西。由于风雨的原因，城墙上无法点灯，城门下一片漆黑。守城的民众根本看不清城下的情况，他们不知道，此时清军正偷偷靠近城墙，在被雨水浸泡得松软的城墙上凿洞。
黑夜和狂风暴雨使守城的民众既听不到清军凿洞的声音，也看不到人影，根本意识不到危险降临。
洞凿好了，清军开始在洞里安放炸药，他们不仅要将城墙炸掉，还要将守城的民众炸死。
第二天，大雨还在继续，没有停的迹象。李成栋下令点燃埋在城门洞中的炸药，顿时，随着轰隆隆的巨响，城墙倒了，飞石乱溅，尸体横飞。见城门被炸出巨洞，李成栋一声令下，早已准备好的骑兵呼啸着从洞口穿过，冲入城内，失去最后一道防线的嘉定人，没有了还手之力。
骑兵做先锋，步兵紧跟其后，清军来势汹汹。一番挣扎后，这场战争的嘉定指挥官侯峒曾见无力回天，投河自尽，而那抗清的组织者张锡眉等人也纷纷悲愤自杀。虽然他们死了，但李成栋依然不解恨，他令人将侯峒曾的尸体找到，将其头砍下泄愤。还有两位守城指挥黄淳耀、黄渊耀最终也悲壮献身。
在清军炸破城，涌向城内时，黄淳耀正在城中一寺庙里祈求神灵保佑，当其弟黄渊耀跑来告诉他清军进了城后，黄淳耀表现得很平静，在与弟弟整理好仪容，又在墙壁上题下“呜呼!进不能宣力王朝，退不能洁身自隐，读书寡益，学道无成，耿耿不寐，此心而已”后，便和弟弟一起在寺庙里上吊自杀了。 而那在南门守城的张锡眉得知城破后，与爱妾一起投河身亡。投河前，他留下了一首绝命诗:
我生不辰，侨居兹里。
路远宗亲，邈隔同气。
与城存亡，死亦为义。
后之君子，不我遐弃。
和张锡眉一样投河的还有守城的董用圆、董用广两兄弟。发誓与城门共存亡的两兄弟，在城破后，禁不住抱头痛哭，在吼出“我祖父清白自矢，已历三世。今日苟且图存，何面目见祖宗于地下”后，也双双投河身亡。
除了这些组织者情愿死也不屈服外，还有一些不愿投降的仁人志士，他们或选择单独自杀，或选择全家一起就义……
城攻破了，组织者也死了，李成栋以为自己已经成功镇压起义者。没承想，在他带着人马撤出嘉定后不久，那些原本四散逃亡的民众又回到了他们的家园，并再次聚集起来。与此同时，反清人士朱瑛也率众进入嘉定，与那些聚集起来的民众会合，嘉定再次回到了反清民众手里。
李成栋得知后，又派遣部将徐元吉去嘉定镇压。“宁可错杀一千，不可放过一人”，清军找不到组织者，就不问青红皂白，开始屠城。仅仅3天，从西关到葛隆镇的那条河里便漂满了尸体，闻者无不落泪。
即使如此，还是有人前赴后继反清。不久，吴之蕃，这位嘉定绿营把总又举竿起义，同样被镇压，嘉定同样又遭屠城。
从6月到8月，在短短2个月时间里，嘉定人民的自发反清起义次数就达到了10余次，先后有10余万人参加，后被杀害的人不计其数。
这三次屠杀事件，在历史上被称为“嘉定三屠”。