洪武十三年正月，丞相胡惟庸称他家的旧宅井里涌出了醴泉，邀请明太祖前来观赏。这是大明的祥瑞呀，朱元璋欣然前往，走到西华门时，一个名叫云奇的太监突然冲到皇帝的车马前，紧拉住缰绳，急得说不出话来。卫士们立即将他拿下，乱棍齐上，差点把他打死，可是他仍然指着胡惟庸家的方向，不肯退下。朱元璋这才感到事情不妙，立即返回，登上宫城，发现胡惟庸家墙道里都藏着士兵，刀枪林立。于是立即下令将胡惟庸逮捕，当天即处死。
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云奇身为内使，居西华门，离胡宅非常近，既然知道胡惟庸谋逆，为何不先期告发，一定要事迫眉睫时，才拦驾告发?况且如果胡惟庸真要谋反，也是秘密埋伏，即使登上城墙也不可能看到刀枪林立。谋反这么大的案件，胡惟庸当天下狱，当天就被处死，处置得如此匆忙，实在蹊跷。据《明太祖实录》记载，四天前，也就是正月甲午，中丞涂节已经告胡惟庸谋反，以明太祖猜忌多疑的性格，怎么还会去胡惟庸家看所谓的祥瑞?可见，云奇告变纯属子虚乌有。
胡惟庸案前后株连竟达十馀年之久，诛杀了三万馀人，成为明初一大案。事后朱元璋还亲自颁布《昭示奸党录》，告诫臣下，切以胡惟庸为鉴。
胡惟庸案真相到底如何?明代法令严峻，多讳言此事。即使到清朝修《明史》时，也只是说胡惟庸被诛时“反状未尽露”，这不免让人生疑。
丞相胡惟庸
胡惟庸(?～1380)，凤阳府定远县(今属安徽)人，为李善长的同乡。在朱元璋攻克和州时，归附红巾军，颇受宠信。
朱元璋登基，任命李善长为左丞相，徐达为右丞相。李善长是朱元璋攻下滁阳后，接纳下来的谋士，指挥作战，组织供应，事事皆能妥善处理。还在朱元璋称吴王时，李善长便出任右相国，充分展现他裁决如流的才干，为功臣之首。洪武元年任左丞相，封韩国公，在朝廷上位列第一。徐达常年带兵在外作战，实权掌握在李善长手中。之后，他的儿子李祺又被朱元璋招为驸马，权势更加显赫，成为朝廷中掌握实权的淮西集团首领。
淮西集团势力的日益膨胀，威胁到皇权。朱元璋对他颇存顾忌，于是在洪武四年，以年高有病为名，让李善长告老还乡，时年五十八岁。其实，朱元璋早就有意撤换李善长，还曾经向刘基请教合适人选。
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刘基说：“善长为元勋旧臣，能调和诸将，不宜骤换。”朱元璋道：“善长屡言卿短，卿乃替他说情么?朕将令卿为右相。”刘基连忙顿首道：“臣实小材，何能任相?”可能刘基预料到在淮西集团当权的情况下，必然会受到排挤，故而坚决不肯任相职。朱元璋又问：“杨宪何如?”刘基答道：“宪有相材，无相器。”朱元璋又问：“汪广洋如何?”刘基道：“器量褊浅，比宪不如。”
太祖又问及胡惟庸，刘基连连摇头道：“不可不可，区区小犊，一经重用，偾辕破犁，祸且不浅了。”朱元璋默然无言。但是后来朱元璋还是根据李善长的推荐，任用了善于逢迎的胡惟庸。刘基叹道：“惟庸得志，必为民害。”胡惟庸得知后，便对刘基忌恨在心。不过，后来的事实证明，刘基的话还是有道理的。
因李善长的提携，胡惟庸于洪武六年，进入中书省，与汪广洋同任右丞相，左丞相空缺。胡惟庸入相后，他的精明干练很快得到朱元璋的赏识。这期间，胡惟庸还将自己的侄女嫁给了李善长的弟弟李存义的儿子李佑为妻，结成姻亲，使得他与李善长关系更进一步。有这样的元老重臣为后盾，胡惟庸更加胆大妄为。加上李善长的旧属们也极力帮助他，胡惟庸可谓如鱼得水。由于他逢迎有术，渐得朱元璋宠任。到洪武十年，进左丞相，位居百官之首，独揽丞相之权。
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随着权势的不断增大，胡惟庸日益骄横跋扈，独揽丞相大权，生杀黜陟，为所欲为。内外诸司所上的奏章，胡惟庸必先取阅，对自己不利的，就隐匿不上报。他任意提拔、处罚官员，各地喜好钻营热衷仕进之徒、功臣武夫失意者，都奔走于他的门下，送给他的金帛、名马、玩好，不计其数。胡惟庸一时间权倾朝野，许多人都看他脸色行事，敢怒不敢言。
对于异己者，胡惟庸必定会打击报复。之前，因入相问题，胡惟庸就与刘基有过节。恰恰瓯闽间有一片空地名叫谈洋，一向为盐枭占据，刘基奏请设巡检司进行管辖，盐枭不服，反而纠众作乱。刘基儿子刘琏将实情上奏，没有事先向中书省报告。掌管中书省的胡惟庸认为刘基蔑视他，越加愤怒，于是唆使刑部尚书吴云弹劾刘基，诬称谈洋有王气，刘基想据为己有，用来修墓，应严加惩处。朱元璋便对刘基夺俸，刘基忧愤成疾，没过多长时间就去世了。
大将军徐达对胡惟庸的擅权乱政，深恶痛绝，便把他的劣迹上告朱元璋。谁知竟被胡惟庸闻知，忌恨在心，企图诱使徐达家的守门人福寿谋害徐达。但因福寿揭发，未能得逞。可见胡惟庸气量狭窄、心计毒辣。