有关建文帝踪迹的探寻从来没有停止过。600多年前，朱棣的军队攻入宫中，建文帝从此下落不明。同时明朝的史书中，对这段历史的记载也是模模糊糊的。自此以后，有关他踪迹的传说就不断出现，单单明末清初一本很著名的历史书《罪惟录》中就开列了23种说法。建文帝下落之谜一直是600多年来的一个历史悬案。
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据有学者考证，朱允炆晚年化名詹碧云，隐踪在江西上饶玉山三清山任三清宫住持道士，在三清福地借修建道教宫观为掩护，巧妙修筑了“明治山詹碧云藏竹之所“的陵墓和其他相关石雕、楹联、三清山石刻260余处，留下了“风流建水翁承赞，樽酒论文千载同“、“方豪上“、“都俞脱生“、“壶市安井“等一系列可供考研的石刻隐逸文化密码。
此外，在《明史·姚广孝传》和《胡濙传》里记载：明成祖朱棣当了皇帝后，对朱允炆自焚而死，也产生过怀疑，也有人告诉他那具烧焦的尸体是马皇后的，朱允炆削发为僧外逃了。他就把朱允炆的主录僧溥洽抓了起来关进监狱长达十余年，逼他供出朱允炆下落。
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并派郑和下西洋“欲寻踪迹“，派户科都给事中胡濙遍行郡、乡、邑长达16年，搜寻朱允炆下落，一直到朱棣死前一年的一个晚上，他已睡下了，但听说胡濙回来了，急忙穿上衣服，在卧室单独召见。胡濙访得朱允炆离开紫禁宫后，削发为僧，既没有去神乐观，也没有去西南、东南周游避难，而是被僧司溥洽所救，一直藏在江苏吴县普洛寺内，此后一心为僧，无复国之意。近年徐作生也通过查阅大量文献和实地考察后，指出：永乐二十一年(1423年)，朱允炆死于江苏吴县穹窿山，终年46岁，葬于皇驾庵后的小山坡上。
也有人指出，朱允炆自焚身亡是历史真实，因为当时燕军兵临城下，把紫禁宫团团围住，朱允炆想逃也来不及了，更何况经考查也无鬼门、御沟逃路。朱允炆也深知他的四叔是个贪权无厌、残暴无情的武夫，落在他手里决无好下场，不如以死了之为上策。燕王朱棣也绝不会让朱允炆活下去，否则，他就不能当皇帝。朱棣为了不留下“杀侄夺位“之臭名，苦心寻找朱允炆下落，留下了历史疑案。
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综上，朱棣在即位后，下令搜寻朱允炆，这是历史事实。朱允炆的真正下落，至今仍是一个未揭开的历史之谜。
有的学者认为，朱允炆并没有死，而是走了后门，到了山中去做了和尚，红崖天书就是他写下的。