受《三国演义》的影响，今天的许多史学家也大都认为，华佗不仅医术高明，而且医德高尚，时刻心系天下百姓的疾苦。他不肯服侍权贵，专门为曹操一个人看病。后来，他借口妻子病重离开了曹操，曹操屡次催他回来他都不肯，最后曹操一怒之下把他给杀了。
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华佗之死责任果真全在曹操吗?华佗真的没有任何过失吗?南京审计学院教授徐少锦先生和河北省平泉民族师范学校的林振清老师认为，华佗之死责任不全在曹操，两篇论文的发表，终于解开了华佗被杀的真正原因。
曹操为何要杀掉华佗呢?《三国演义》对此的解释可谓深入人心。在该书的第七十八回中，罗贯中详细地描写了曹操杀华佗的经过
曹操为造建始殿，亲自挥剑砍伐跃龙祠前的梨树，得罪了梨树之神，当晚做了个噩梦，惊醒之后便得了头痛顽症，遍求良医，均不见效。
后来，华歆向曹操举荐了华佗，曹操立马差人星夜将华佗请来为他看病。华佗认为曹操头痛是因中风引起的，病根在脑袋中，不是服点汤药就能治好的，需要先饮“麻肺汤”(按：也就是人们所熟知的“麻沸散”，是华佗发明的一种麻醉剂)，然后用利斧砍开脑袋，取出“风涎”，才可能去掉病根。
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多疑的曹操以为华佗是要借机杀他，为关羽报仇，于是命令左右将华佗收监拷问，致使一代神医屈死在狱中，而华佗所著的《青囊书》也因此失传。
曹操请华佗为他治疗“头风”顽症，华佗用针扎胭俞穴位，手到病除，效果很好，后来，随着政务和军务的日益繁忙，曹操的“头风”病加重了，于是，他想让华佗专门为他治疗“头风”病。华佗说：你的病在短期内很难彻底治好，即使长期治疗，也只能苟延岁月。曹操的病果真那么严重了吗?
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在文章中，林振清认为，华佗正是想利用为曹操治病的机会，以医术为手段，要挟曹操给他官爵。曹操后来说，“华佗能治好这病，他为我治病，想借此抬高自己的身价。这说明曹操当时是明白华佗的言外之意的。但是他并没有立即满足华佗的要求。
于是，华佗便以收到家书，想回家小住几天为借口，请假回家，到家后又托辞妻子有病，一直不回，对曹操进行再度要挟。曹操依照汉律，以“欺骗罪”和“不从征召罪”判处华佗死刑，华佗服罪伏诛。