明廷接到俺答的书信后,明世宗君臣紧急磋商如何处理。大学士严嵩说:“所此抢食贼耳,不足患。”礼部尚书徐阶斥责道:“今虏在城下杀人放火,岂可言是抢食?正须议所以御之之策!”世宗赞同徐阶的话,并询问众臣如何回答俺答书信。徐阶说:“今虏驻兵近郊,而我战守之备一无所有,此事宜权许以款虏,第恐将来要求无厌耳。”世宗说:“苟利社稷,皮币珠玉非所爱。”徐阶认为无条件应允太失面子,只有劝俺答先撤退,再由大同方面就通贡问题与之周旋。世宗采纳了徐阶的主张。
据蒙古史料记载,“其后汉国大明汗慑于普尊阿勒坦汗之威名,派来名为杨兀扎克(杨增)之人,谓‘互相为害不能杀绝斩尽,故不如和好往来买卖通贡。’派名为阿都兀齐者偕同来使前往,将大军撤至墙外开始会谈,以三万户分别进兵逼和,取得极多之田赋之后而回还。”也就是说明朝允诺了通贡后,俺答便撤兵了。
八月二十三日,俺答率军撤退。此前,俺答于八月十八日引兵夺白羊口(今北京延庆西南),以西走塞外,而留余众于京城外,以为疑兵。但到撤退之时,大雨倾盆,俺答认为白羊口过于狭窄,怕明军伏击,乃中途掉头,一半由高崖口、镇边城等处,一半由古北口旧路全部出边。在俺答北撤白羊口时,仇鸾引兵蹑其后,企图袭击落伍的骑兵邀功;不料俺答中途折返,明军不战而溃,死伤千余人,仇鸾本人差点被俘。其后俺答长驱至天寿山,循潮河而上,仍由古北口出塞,京师解严。九月初一日,蒙古兵全部撤退。[整个庚戌之变期间,“诸州县报所残掠人畜二百万”。其后明世宗追究责任,兵部尚书丁汝夔作为严嵩、仇鸾一党的替罪羊而被处斩。
庚戌之变虽已结束,但明世宗认为乃奇耻大辱,对阁臣说:“外域之臣,敢于我前带信坐观城池,可欤?不一征诛,何以示惩!”指示兵、户二部“先集兵聚粮”,准备出征。又谕仇鸾“卿勿怠此戎务,必如皇祖时长驱胡虏三千里乃可!” 随后明廷加强防御措施,改十二团营为三大营,总三营为戎政府;修建北京外城,置蓟辽总督大臣,辖蓟州﹑保定﹑辽东三镇,募山东、山西﹑河南诸道兵岁集京师防秋,秋后散去,以为定制;又选各边镇锐卒入卫京师,以京营将分练边兵。明朝北部边防逐渐加强。
庚戌之变使得明朝政府勉强答应“通贡互市”,实际实施却拖延反悔,只在次年(1551年)在大同开马市。但毕竟坚冰已破,而且互市的好处也逐渐为明朝统治集团所认识,于是,当1570年俺答的孙子把汉那吉负气出走明朝时,这一偶然事件却促成了蒙、明贸易的正常化。从此,这块双面舞台自丰州城被毁之后的又一个繁荣期拉开了序幕,而影响更加深远、持久的走西口人口大迁徙也从此拉开了序幕。
庚戌之变此后20余年,俺答连年南下掳掠,长城沿线的百姓深受其害,明世宗亦对蒙古深恶痛绝,史载他“苦虏之扰,最厌见‘夷狄’字面……世庙晚年,每写‘夷狄’字必极小,凡诏旨及章疏皆然,盖欲尊中国卑外夷也”。[17] 至1570年双方最终达成和议,明廷封俺答为顺义王,俺答服属中央朝廷,长城一带才开始得到安宁。